Mit den alten Gentechnikverfahren (auch klassische Gentechnik genannt) wurden Pflanzen gentechnisch verändert, indem man etwa mithilfe von Genkanonen einzelne Gene in die Zellen «eingeschossen» hat.
Bei dieser Art Gentechnik ist es vom Zufall abhängig, an welcher Stelle im Genom der Zielpflanze das neu «eingeschossene» Gen eingebaut wird.
Die gentechnisch beigefügten Gene stammen meist von anderen Arten wie zum Beispiel vom Bakterium Bacillus thuringiensis. Man transferiert Gene über die Artgrenzen hinweg: Es wird deshalb von Transgenese gesprochen. Mit dem eingeschleusten Gen wird der Pflanze eine Eigenschaft eines anderen Organismus aufgezwungen (z. B. eine Resistenz gegen ein Unkrautvernichtungsmittel). Seltener stammen die eingeschleusten Gene aus derselben Pflanzenart bzw. derselben Gattung: In diesem Fall spricht man von Cisgenese.
Im Rahmen der aktuellen Debatte um die Neuregulierung der Gentechnik werden Gentechnikpflanzen ohne artfremde Gene als «harmloser» dargestellt. Wissenschaftlich betrachtet ergibt dies jedoch keinen Sinn. Denn sowohl bei der Cis- als auch bei der Transgenese werden die eingefügten Gene aus ihren Bausteinen im Labor synthetisiert. Die Risiken, die von so entstandenen Pflanzen ausgehen, hängen also nicht mit der Herkunft der Gene zusammen, sondern mit dem gentechnischen Eingriff selbst. Denn dieser verursacht oft weitere, ungewollte Veränderungen im Genom und unerwartete Wechselwirkungen, deren Risiken genau untersucht werden müssen.
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