Nicht nur Unkräuter werden zum grossen Problem, sondern auch die Ausbreitung der Gene, welche künstlich in die Gentech-Nutzpflanzen eingeführt worden sind. Mexiko ist die Heimat des Maises. Die vielen Landsorten, die dort wachsen, sind ein wichtiger Pool für Züchtungserfolge und damit auch für die Sicherheit der Ernährung. Die Mais-Landsorten in Mexiko sind aber bereits mit Genen aus Gentech-Mais verunreinigt: In einer Gegend von Mexiko, wo keine gentechnisch veränderten Pflanzen wachsen, wurden uralte Maissorten untersucht: An diesem Ort fand man Gene aus Gentech-Sorten in den alten Land-Sorten. Durch Verunreinigung von Saatgut und durch den Windtransport von Pflanzenpollen können die fremden Gene und die artfremden Eigenschaften ungewollt auf Wild- und Zuchtpflanzen übertragen werden. Um dies zu verhindern braucht es höchste Vorsichtsmassnahmen und grosse Sicherheitsabstände. Oder es braucht gentechnikfreie Landwirtschaftszonen, so z.B. die Schweiz ( Studie Ausbreitung 1 (englisch); Studie Ausbreitung 2 (englisch)).